My favorites | Sign in
Project Home Downloads Wiki Issues Source
READ-ONLY: This project has been archived. For more information see this post.
Search
for
TiistainDemo  
2.8.2011 demo
Updated Aug 17, 2011 by janne.la...@gmail.com

Demottavat asiat:

  • haut (ainakin entsyymillä)
    • entsyymien autocomplete
  • graafin kaikki tiedot
    • tooltipit
    • lisätiedot klikkaamalla oikeaan sivupalkkiin
    • oikeaklikkivalikko
      • linkit ulkoisiin kantoihin
      • alignment
  • graafissa kulku
    • noodien avaus
    • tägäys ym.
    • lisää noodeja
    • poisto (jos ehditään toteuttamaan)
    • contract (jos säilytetään & fiksataan, luultavasti ei)
    • värien säätö
    • bitscorefiltteröijä (jos saadaan toimimaan)

Esimerkkikäyttötapauksehdotuksia:

  • Etsi DB-entry O05625, näytä sille jokin linjaus, tagaa lähin entsyymi, katso sen tiedot ja tagaa polku siitä eteenpäin ja poista tagaamattomat
  • Etsi 4.1.1.1 -> Q9P7P6 -> 201803651; avaa 1.4.1.13:sta pathway Nitrogen metabolism
  • Hae alcohol dehydrogenase ja säädä kaaret niin että kaikista kaarista tulee vihreitä. Sitten hae lisää yhteyksiä oikeaklikkauksen kautta keskinodelle. Sitten pikafiltteröi kaikki alle 353:n arvoiset pois

Parannusehdotuksia:

  • Sample selection -> vain tietyt näytteet
  • metadataa lisää (esim. syvyys tai sijainti)
  • skaalautuvuus?
  • datan/graafin dumppaaminen/export HALUTUIN ON KAIT TÄMÄ: kuvana ja/tai sekvenssit ulos?
  • tilanteen tallentaminen
  • avaako lisäyhteydet alle bitscoren?
  • bugi: hakee aina samalla e-valuella
  • bugi:subgraphin tagaaminen ei toimi
  • kahden eri entsyymin välistä yhteyttä ei voi hakea? pitäisikö voida?
  • useampi alignment kerralla, linjauksiin id:t (voin tehdä, T: Aurora)
  • Undo
  • useampi kuva yhtäaikaa?
  • pitäiskö myös huonoimpia hittejä päästä katselemaan? Esalta pitää kysyä. Nyt on ongelmana se että jos hittejä on liikaa niin viimeisiä ei millään saa näkymään.

Powered by Google Project Hosting