Lisätkää asioita sitä mukaan kun mieleen tulee.
Initial Backlog
Lisensointi GPLv2? - tattoo hoitaa
Työkalut
Netbeans
- versiot
- framework ja python yhteensopivuus
Mercurial
- google code asetukset
- opettelu
Google code
- projektin teko - jannel
- asetukset
- työkalujen käytön opettelu
Webframework ja muu palvelinympäristö
- ryhmähakemisto 8 merkkiä - tkt_gvis, valmis käyttöön
- pystyttäminen
- Frameworkin valinta
- https://www.djangoproject.com/
- templatekirjaston vaihto/valinta
- Apachen asetukset usersille
- Frameworkin yhtensopivuus visualisointityökalun kanssa
- Automaattinen integrointi ja testaus
- tietokannan pystytys
- PostgreSQL
- riittääkö usersilla tila ja potku, kysy ylläpidolta
Verkon visualisointi dynaamisesti nettisivulle
Data
/group/home/urenzyme/geoviz/
- ei välttämättä muutu projektin aikana
- samplet ei muutu
- osa datasta voi muuttua radikaalisti
- mikä tietokantamalli ratkaisuksi - SQL?
- käyttäjälle mahdollisuus ajaa analyysiskriptejä
- eri koneet joilla ajetaan visualisointia ja datan generointia
- rajapinta jolle voi kertoa mistä samplesta halutaan generoida uutta dataa
Henkilöt
- poissaolot
- Asiakas heinä-elokussa
- työmäärän jakaminen
Vaihe 1 - olemassaolevan esitys
- minkälaista dataa?
- samples - raakadataa josta pitää voida hakea haluttu readi näkyviin, kokoelmia yksittäisistä tiedostoista
- blast - yhteys read < - > database sequence
- taulukoita joissa on tietokannasta matchatyt sekvenssit
- tietokantatunnus muotoa sp|id|id, molemmat id:t uniikkeja
- tiedostoformaatti readme:ssa
- matchatty osa yksi-yhteen
- voi olla matchatty useaan database sequenceen tai yhteen monta kertaa
- build result
- sarakkeet ? | ? | luotettavuus (vähemmän tärkeä) | funktionaalinen luokka (tärkeä) | P-arvo (myös blastissa) |
- onko entsyymi aineistossa ja montako matchia
- haku entsyymin tunniste
- haku entsyymin nimi (= funktionaalinen luokka)
- nimet ei tässä aineistossa
- parhaat ensin, pieni P arvo parempi
- filtteröinti
- esimerkiksi n lyhintä polkua johonkin maaliin
Käyttäjä haluaa käsiksi 1. entsyymiin, 2. matcheihin 3. dna - proteiinisekvenssin vastaavuus, luettavissa blastista
Käyttötapaus: Entsyymihaku EC 1.1.1.22 -> aukeaa verkko -> jokainen siitä lähtevä solmu tietokannan sekvenssi -> näistä jokaisesta aukeaa verkko josta näkyy matchaavat readit ja yhteydet muihin EC-luokkiin
Tässä ei näy proteiini-dna-vastaavuus, sille erillinen näkymä?
DB sekvenssit ja funktionaaliset luokat pitää linkittää ulkopuolisiin tietokantoihin URL-muodossa (ulkopuolisiin sivuihin).
Vaihe 2 - käyttäjäoikeudet
- onnistuuko helposti djangon sisäänrakennetulla hallinnalla
- halutaanko yksilöidä käyttäjät
- tallennus käyttäjäkohtaisesti
Vaihe 3 - dynaaminen metaboliapolkujen visualisointi
- entsyymi -> reaktio -> entsyymi -> reaktio
- entsyymidata funktionaalisista luokista
- entsyymi -> reaktio -> entsyymi - data annetaan (backend tietokanta)
- tavat
- Olemassaolevan systeemin käyttö KEGG - http://www.genome.jp/kegg/
- laadukkaita käsinpiirrettyjä verkkoja, helppo värittää
- yhteyksiä puuttuu
- yhdessä verkossa ennalta rajattu alue
- itse toteuttaminen
- voidaan piirtää verkosta kerralla kiinnostavat osat
- päästään liikkumaan verkossa tasoittain eteenpäin
- testidata riittävän isoa
Poissaolot:
Aurora: 19.-25.5.2011