My favorites | Sign in
Project Home Downloads Wiki Issues Source
READ-ONLY: This project has been archived. For more information see this post.
Search
for
InitialBacklog  
Initial Backlog
Updated May 27, 2011 by sundo...@gmail.com

Lisätkää asioita sitä mukaan kun mieleen tulee.

Initial Backlog

Lisensointi GPLv2? - tattoo hoitaa

Työkalut

Netbeans

  • versiot
  • framework ja python yhteensopivuus

Mercurial

  • google code asetukset
  • opettelu

Google code

  • projektin teko - jannel
  • asetukset
  • työkalujen käytön opettelu

Webframework ja muu palvelinympäristö

Verkon visualisointi dynaamisesti nettisivulle

Data

/group/home/urenzyme/geoviz/

  • ei välttämättä muutu projektin aikana
  • samplet ei muutu
  • osa datasta voi muuttua radikaalisti
  • mikä tietokantamalli ratkaisuksi - SQL?
    • tietokannan suunnittelu
  • käyttäjälle mahdollisuus ajaa analyysiskriptejä
    • eri koneet joilla ajetaan visualisointia ja datan generointia
    • rajapinta jolle voi kertoa mistä samplesta halutaan generoida uutta dataa

Henkilöt

  • poissaolot
    1. Asiakas heinä-elokussa
  • työmäärän jakaminen

Vaihe 1 - olemassaolevan esitys

  • minkälaista dataa?
    • samples - raakadataa josta pitää voida hakea haluttu readi näkyviin, kokoelmia yksittäisistä tiedostoista
    • blast - yhteys read < - > database sequence
      • taulukoita joissa on tietokannasta matchatyt sekvenssit
      • tietokantatunnus muotoa sp|id|id, molemmat id:t uniikkeja
      • tiedostoformaatti readme:ssa
      • matchatty osa yksi-yhteen
      • voi olla matchatty useaan database sequenceen tai yhteen monta kertaa
    • build result
      • sarakkeet ? | ? | luotettavuus (vähemmän tärkeä) | funktionaalinen luokka (tärkeä) | P-arvo (myös blastissa) |
  • onko entsyymi aineistossa ja montako matchia
    • haku entsyymin tunniste
    • haku entsyymin nimi (= funktionaalinen luokka)
    • nimet ei tässä aineistossa
    • parhaat ensin, pieni P arvo parempi
  • filtteröinti
    • esimerkiksi n lyhintä polkua johonkin maaliin

Käyttäjä haluaa käsiksi 1. entsyymiin, 2. matcheihin 3. dna - proteiinisekvenssin vastaavuus, luettavissa blastista

Käyttötapaus: Entsyymihaku EC 1.1.1.22 -> aukeaa verkko -> jokainen siitä lähtevä solmu tietokannan sekvenssi -> näistä jokaisesta aukeaa verkko josta näkyy matchaavat readit ja yhteydet muihin EC-luokkiin

Tässä ei näy proteiini-dna-vastaavuus, sille erillinen näkymä?

DB sekvenssit ja funktionaaliset luokat pitää linkittää ulkopuolisiin tietokantoihin URL-muodossa (ulkopuolisiin sivuihin).

Vaihe 2 - käyttäjäoikeudet

  • onnistuuko helposti djangon sisäänrakennetulla hallinnalla
  • halutaanko yksilöidä käyttäjät
  • tallennus käyttäjäkohtaisesti

Vaihe 3 - dynaaminen metaboliapolkujen visualisointi

  • entsyymi -> reaktio -> entsyymi -> reaktio
  • entsyymidata funktionaalisista luokista
  • entsyymi -> reaktio -> entsyymi - data annetaan (backend tietokanta)
  • tavat
    1. Olemassaolevan systeemin käyttö KEGG - http://www.genome.jp/kegg/
      • laadukkaita käsinpiirrettyjä verkkoja, helppo värittää
      • yhteyksiä puuttuu
      • yhdessä verkossa ennalta rajattu alue
    2. itse toteuttaminen
      • voidaan piirtää verkosta kerralla kiinnostavat osat
      • päästään liikkumaan verkossa tasoittain eteenpäin
  • testidata riittävän isoa

Poissaolot:

Aurora: 19.-25.5.2011

Powered by Google Project Hosting