MTAppjQuery とは、Movable Type 5 の管理画面を jQuery でカスタマイズしやすくするプラグインです。MT4 の管理画面に jQuery を適用させるプラグイン「jQuery for MT」の MT5 版といったイメージです。

Movable Type の管理画面は、alt-tmpl を利用すれば簡単にカスタマイズすることができますが、そのためには、管理画面のテンプレートを理解する必要があります。また、「項目名やレイアウトをちょっと変えたい」ときなどは、いちいち alt-tmpl でカスタマイズするのも面倒です。

しかし、Movable Type 5 から、管理画面には jQuery が使われるようになりました。jQueryを使ってのカスタマイズであれば、Movable Type のテンプレートを読む必要もなく、通常のサイトに jQuery を入れるのと同じスキルでカスタマイズすることができます。

そのとき、MTAppjQuery プラグインを利用すれば、同梱されている「user.js」に jQuery を書いていかばいいので、さらに敷居が低くなると思います。