а разве раньше такого не было?

Во-первых, причем здесь хранилище? 

Во-вторых, загрузить из Delphi и посмотреть где Close-Open проходит. Только он скидывает
положение курсора.

Я проверил. У меня все работает нормально. Скорее всего нужно смотреть конкретную реализацию
документа в котором это возникает.

1) Открыл базу.
2) Зашел в список накладных.
3) Нажимаю редактирование. Открывает текущую запись и никуда при этом не переходит.
4) Перешел в редактор-скрипт объектов и определил DoBeforeEdit. Делаю там рефреш.
5) Нажимаю редактирование. Открывает текущую запись и никуда при этом не переходит.
6) Установил автофильтрацию для списка.
7) Нажимаю редактирование. Открывает текущую запись и никуда при этом не переходит.

т.е. проблемы не вижу.

Скорее всего надо смотреть конкретную базу. Там что-то перекрыто свое, что и сдвигает
курсор.

Табель отработанного времени. Есть макрос который запускает формирование табеля по предприятию\подразделению.
Сначала там создаётся шапка документа, заполняется позиция, затем делается редактирование
шапки и внесение в неё доп. информации.
Перекрываем код, как я приводил выше, делаем автофильтрацию. Запускаем макрос расчёта,
в итоге edit делается не для шапок созданых документов, а для верхней записи.
У Николая есть примеры неверного поведения в меню.

тогда нужна конкретная база. у нас не повторяется ни на справочниках, ни надокументах.

Alexander не совсем верно написал 
Происходит это только если при добавлении(редактировании) документа или справочника
происходит Post(например перед добавлением позиций документа сохраняется шапка или
в справочнике товара при переходе на другие закладки) и после сохранения запись не
попадает под условия автофильтрации 

Пример на любой базе со складскими настройками

1. В справочнике ТМЦ перекрываем метод
   sub TgdcGoodDoBeforeEdit(Self) 
     '*** Данный код необходим для вызова кода определенного в gdc-классе.***
     '*** При его удаления  возможно нарушение  правильной работы системы.***
       call Inherited(Self, "DoBeforeEdit", Array(Self))
     '***               Конец кода поддержки gdc-класса.                  ***
     Self.Refresh
   end sub

2. Выбираем автофильтром одну(или больше) запись по наименованию
3. Добавляем новый товар в название пишем что нибудь не подходящее под условия включенного
автофильтра, заполняем группу и единицу измерения
4. переходим на любую закладку(например штрихкоды) 
5. Возвращаемся на закладку свойства и смотрим что там написано в наименовании